Es gibt zwei grundsätzliche Arten, wie Module aufgebaut werden. Diese beiden können sich auch je nach Modul vermischen. Du kannst das "auto include system" verwenden oder einige PHP-Klassen erweitern. In beiden Fällen verteilst du in der Verzeichnis-Struktur von modifed deine Dateien. Ein Verzeichnis, indem dein Modul und alle dazugehörigen Dateien gebündelt liegen, gibt es nicht. Das Modified System schaut in diese verteilten Verzeichnisse und lädt deinen Code aus deinen Dateien zwischen den Core-Programm-Code. Das kannst du dir wie Hooks vorstellen.

Welche Hooks gibt es in Modified? Womit kann ich verschiedene Klassen bzw. die Methoden in den Klassen erweitern?
Eine Übersicht findet sich hier bei Github.

Updatesichere Module könnt Ihr alternativ auch sehr gut mit dem inoffiziellen, externen System "MMLC" erstellen. Den Download und komplette Anleitungen zum Erstellen von MMLC Modulen findet Ihr hier.

Weitere Tutorials vom Modified Team selbst finden sich hier. 

Shortlinks:
Admin neues Menü / neue Seite hinzufügen
Auto Include System / Webhooks
Begriffsdefinitionen
Codeschnipsel /Denkansätze für kleinere Probleme
Datenbankreferenz
Debuggen mit FirePHP
Funktionsreferenz
Konfigurationsreferenz 
Lokale Entwicklungsumgebung mit XAMPP einrichten
PHP.ini sicherheitsrelevante Variablen
Programmbibliotheken
Shopupdate: Template weiterverwenden
Verzeichnisstruktur